試験研究費に係る特別税額控除制度について、試験研究費の増加分に対する特別税額控除割合を上乗せする特例を改組し、次の特例のいずれかを選択適用できる制度が創設されました。

この制度における控除税額は、試験研究費の総額に係る特別税額控除制度（法人税額の20％を限度）とは別に、当期の法人税額10％にすることにより控除限度額の上限が拡大されました。

1. 平成20年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超え、かつ、基準試験研究費の額を超える場合には、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える部分の金額の5％相当額の特別税額控除ができます。

2. 平成20年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度において、試験研究費の額が平均売上金額の10％相当額を超える場合には、その超える部分の金額に特別税額控除割合を乗じた金額の特別税額控除ができます。

   （注）特別税額控除割合は、試験研究費割合から10％を控除した割合に0.2を乗じた割合とします。

情報基盤強化税制（青色申告書を提出する事業者が、情報基盤強化設備等を取得等して、これを国内にある事業の用に供した場合に、その取得価額の合計額が一定額以上であれば、その設備等の基準取得価額の50％相当額の特別償却と10％相当額の特別税額控除との選択適用ができるという制度）について、次の見直しを行ったうえ、その適用期限を平成22年3月31日までに2年間延長されました。

1. 対象設備等に、部門間・企業間で分断されている情報システムを連携するソフトウェアとして一定の要件を満たすものが追加されました。

2. 資本金1億円以下の法人等については、取得価額の合計額の最低限額を70万円（改正前：300万円）に引下げられました。

3. 資本金10億円超の法人等については、対象設備等の取得価額の合計額のうち特例の対象となる金額は、200億円を限度とされました。

この改正は、平成20年4月1日から平成22年3月31日までに取得し事業の用に供した資産について適用されます。

中小企業投資促進税制（青色申告書を提出する資本金1億円以下の中小企業者等が一定額以上の機械装置等を取得した場合、取得価額の7％の税額控除又は30％の特別償却を認める制度）の適用期限が２年延長（平成22年3月31日までに開始する事業年度について適用）されました。

中小企業者の交際費等について、定額控除限度額400万円までは、その90％相当額について損金算入が認められている制度の適用期限が２年延長（平成22年3月31日までに開始する事業年度について適用）されました。

欠損金の繰戻しによる還付の不適用制度について、創業５年以内の中小企業者の適用除外措置が２年延長（平成22年3月31日までに終了する事業年度について適用）されました。

教育訓練費が増加した場合の特別税額控除制度について、対象を中小企業者等に限定するとともに、労働費用に占める教育訓練費の割合が0.15％以上の場合に、教育訓練費の総額に、労働費用に占める教育訓練費の割合に応じた特別税額控除割合（8％〜12％）を乗じた金額の特別税額控除ができる制度に改組されたうえ、本特例を中小企業等基盤強化税制の中に位置付けることになりました。

（注）特別税額控除割合は、労働費用に占める教育訓練費の割合から0.15％を控除した割合に40を乗じたものに8％を加算した割合とします。

これにより大企業については、平成20年3月31日の適用期限の到来をもって廃止されることになります。

減価償却制度について、次の見直しが行われました。

1. 法定耐用年数について、機械装置を中心に、実態に即した使用年数を基に資産区分を整理するとともに、法定耐用年数が見直されました。

   機械装置の法定耐用年数は、55区分（改正前：390区分）に簡素化され、原則として１業種＝１区分に大括り化されることになりました（一部の業種を除いて、業種ごとに１本化）。

   この改正は、既存の減価償却資産を含め、平成20年4月1日以後に開始する事業年度について適用されます。

2. 耐用年数の短縮特例について、本特例の適用を受けた減価償却資産について軽微な変更があった場合、本特例の適用を受けた減価償却資産と同一の他の減価償却資産の取得をした場合等には、改めて承認申請をすることなく、変更点等の届出により短縮特例の適用を受けることができることされ、手続が簡素化されました。

   この改正は、平成20年4月1日以後に開始する事業年度について適用されます。

中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例（青色申告書を提出する資本金1億円以下の中小企業者等が30万円未満の少額減価償却資産を取得した場合、当期に取得等をした少額減価償却資産の取得価額の合計額300万円を限度として、取得した事業年度又は年分に全額損金算入等（即時償却）を認める制度）の適用期限が２年延長（平成22年3月31日までに取得する減価償却資産について適用）されました。

農林水産業と商工業との連携等を促進するための税制の措置が整備されました。

1. 中小農商工連携促進法の制定に伴い、中小企業等基盤強化税制の対象に、同法の認定農商工等連携事業活動計画に従って農商工等連携事業活動を行う中小企業者が取得する同計画に定める機械装置が加えられました。（7％の税額控除又は30％の特別償却）

2. 企業立地促進法税制の一部改正に伴い、集積区域における集積産業用資産の特別償却制度（機械装置15％、建物等8％）の対象に、農林水産業の活性化に資する業種を加えられました。

   なお、同業種における投資規模要件は、機械装置にあっては、取得価額の最低限度を１台又は１基につき500万円（改正前：1,000万円）、かつ、計画記載の投資総額の最低限度を4,000万円（改正前：30,000万円）とされ、建物等にあっては、取得価額の最低限度を5,000万円（改正前：50,000万円）とされ、大幅に引き下げられました。

この改正は、平成20年4月1日以後に開始する事業年度について適用されます。

居住者が、その居住用住宅について一定の省エネ改修工事（200万円を限度）を行った場合に、その住宅を平成20年4月1日から平成20年12月31日までの間にその者の居住の用に供したときは、現行の住宅ローン控除制度よりも省エネ改修工事に係るローン部分の控除率を引き上げ、その改修工事に係る住宅ローン残高（1,000万円を限度）の一定割合を5年間にわたり所得税額から控除するという制度が創設されました。

この特例は、住宅の増改築等に係る現行特別控除との選択適用とされました。

「一定の省エネ改修工事」とは、（1）居室の全ての窓の改修工事、又は（1）の工事と併せて行う（2）床の断熱工事、（3）天井の断熱工事若しくは（4）壁の断熱工事で、次の要件を満たすものをいいます。

（イ）改修部位の省エネ性能がいずれも平成11年基準以上となること

（ロ）改修後の住宅全体の省エネ性能が改修前から一段階相当以上上がると認められる工事内容であること

（ハ）その工事費用の合計額が30万円を超えるものであること

特定中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例の創設

1. 居住者等が、その年中に特定中小会社であって次の要件を満たす株式会社に出資した金額について、1,000万円を限度として、寄附金控除が適用されることになりました。
   • 設立１年目の株式会社
     中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律に規定する特定新規中小企業者
     

   • 設立２年目又は３年目の株式会社
     特定新規中小企業者であって前事業年度及び前々事業年度における営業活動によるキャッシュ・フローが赤字であるもの
     

2. 特定中小会社に出資した金額のうち、本特例の適用を受けて総所得金額等から控除した金額は、取得した特定中小会社の株式の取得価額から控除されます。

3. その他所要の整備が行なわれます。

4. 特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の２分の１課税の特例については、所要の経過措置を講じたうえ、廃止されます。

この改正は、平成20年4月1日以後に特定中小会社の株式を払込みにより取得する場合について適用されます。

上場株式等の配当・譲渡益に係る税率を軽減する特例が平成20年12月31日をもって廃止されます。
その際の特例措置として、平成21年及び平成22年の２年間、500万円以下の譲渡益及び100万円以下の配当について軽減税率が適用されることになりました。

• 本則
  株式等の配当・譲渡益に係る税率
  　・・20％（所得税15%、個人住民税5%）

• 時限的特例
  上場株式等の配当・譲渡益に係る税率
  　・・10％（所得税7%、個人住民税3%）

上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得との間の損益通算の特例の創設（平成21年分以後適用）

個人投資家の株式投資リスクを軽減するため、平成21年より、上場株式等の譲渡損失と配当との間の損益通算の仕組みが導入されることになりました。。

その年分の上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるとき又はその年の前年以前３年内の各年に生じた上場株式等の譲渡損失の金額（前年以前に既に控除したものを除きます。）があるときは、これらの損失の金額を上場株式等の配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限ります。）から控除できることになりました。

この改正は、平成21年分以後の所得税及び平成22年度分以後の住民税について適用されます。